Lo archivos .IPA son basicamente zips y se los puede instalar en un Iphone sin la necesidad de usar iTunes:

Descomprimir el archivo .ipa:

unzip file.ipa

En el contenido ya descomprimido tienen el directorio Payload y el archivo iTunesArtwork. Solo queda copiar la aplicacion al Iphone:  (por ejemplo la aplicacion Test):

scp -r Payload/Test.app iphone_ip:/Applications/

Como el archivo .ipa es un mero .zip no guarda los permisos correctamente, para lo que se le puede poner  0755 para los ejecutables y 0644 para los archivos comunes, pero pueden lograr el mismo efecto poniendo todos los permisos posibles asi ninguna app se queja:

Conectarse por ssh al iPhone y poner lo siguiente:

chmod -R 0777 /Applications/Test.app

Todo lo que queda hacer es restartear  el springboard con:  killall SpringBoard

y listo!!! a disfrutar!  ojo que para todo esto necesitan tener hecho el jailbreak